伊莉雅是一個就讀穗群原學園的普通女孩,有一天被萬花筒之杖的人工天然精靈「魔法紅寶石」強制締結契約,成為「魔法少女伊莉雅」。她在萬花筒之杖前任持有者遠坂凜的命令下,開始被迫幫忙回收階級卡片……。在冰冷的暗夜中,虫族悄然来袭,人类能否抵挡住这灭顶之灾?。